2,6-ไดคลอโรไพริดีน ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง มีบทบาทสำคัญในการผลิตคลอร์ไพริฟอส ซึ่งเป็นยาฆ่าแมลงออร์กาโนฟอสเฟตที่ใช้กันอย่างแพร่หลาย นอกจากนี้ยังใช้เป็นวัตถุดิบพื้นฐานในการผลิตยา โดยเฉพาะในการพัฒนาตัวปรับตัวรับนิโคตินิก ลูกหลานของมันถูกสำรวจสำหรับใช้ในสารป้องกันพืช เนื่องจากความสามารถในการกำหนดเป้าหมายระบบประสาทของศัตรูพืชอย่างเลือกสรร นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการวิจัยเพื่อพัฒนาสารประกอบเบสไพริดีนใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ