ใช้ในอุตสาหกรรมการผลิตสารเคมีเฉพาะทาง โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิกที่ต้องการหมู่ทริฟลูออโรเมทอกซีเป็นตัวทำให้มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น เพิ่มความเสถียรทางเคมี หรือปรับความสามารถในการละลายของสารตั้งต้น นิยมใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาฆ่าเชื้อ ยาต้านจุลชีพ หรือสารกำจัดศัตรูพืชบางชนิด เนื่องจากหมู่ทริฟลูออโรเมทอกซีช่วยเพิ่มความสามารถในการซึมผ่านของเซลล์เป้าหมาย และลดการถูกทำลายโดยเอนไซม์ในสิ่งมีชีวิต นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างสารต้นแบบใหม่ที่มีโครงสร้างซับซ้อน