Perfluoro-1-iodohexane ใช้หลักๆ ในสาขาการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบฟลูออรีนที่ซับซ้อนมากขึ้น พันธะคาร์บอน-ไอโอดีนที่แข็งแรงทำให้เป็นสารเคมีที่มีค่ามากในปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก ซึ่งช่วยให้สามารถนำกลุ่มเพอร์ฟลูออโรอัลคิลเข้าไปในโมเลกุลอินทรีย์ต่างๆ คุณสมบัตินี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในการพัฒนายาเกษตรเคมี และวัสดุพิเศษที่ต้องการสารประกอบฟลูออรีนเพื่อความเสถียรและคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์

ในวิทยาศาสตร์วัสดุ ใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตฟลูออโรโพลิเมอร์และสารลดแรงตึงผิว วัสดุเหล่านี้มักใช้ในแอปพลิเคชันที่ต้องการความเสถียรทางความร้อนสูง ความต้านทานสารเคมี และพลังงานพื้นผิวต่ำ เช่น การเคลือบ หล่อลื่น และการรักษาที่กันน้ำ นอกจากนี้ การใช้ในการสังเคราะห์สารลดแรงตึงผิวฟลูออรีนยังช่วยในการสร้างโฟมดับเพลิงและสารทำความสะอาดอุตสาหกรรม

ในการวิจัยและพัฒนา Perfluoro-1-iodohexane ใช้เป็นสารตัวอย่างเพื่อศึกษาพฤติกรรมของเพอร์ฟลูออโรอัลคิลไอโอไดด์ในปฏิกิริยาเคมีต่างๆ ซึ่งช่วยในการพัฒนาความเข้าใจในเคมีอินทรีย์ฟลูออรีนและในการออกแบบวัสดุฟลูออรีนใหม่ที่มีคุณสมบัติที่ปรับแต่งได้