Methyl 5-Bromo-2-Fluorobenzoate ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีทั้งหมู่โบรโมและฟลูออโร ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนผ่านปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig มันมีประโยชน์โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) สำหรับยาที่เล็งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาท มะเร็ง และโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยในการสังเคราะห์วัสดุขั้นสูงและเคมีภัณฑ์ละเอียด โดยที่วงแหวนอะโรมาติกที่มีฮาโลเจนช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและความเลือกกรานในการแปลงเคมี