4-Fluoro-5-methoxy-2-nitrobenzoic acid ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มันมักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้น (precursor) ในการสร้างโมเลกุลที่มีโครงสร้างเฉพาะ ซึ่งอาจมีคุณสมบัติในการต้านแบคทีเรีย ต้านมะเร็ง หรือเป็นส่วนประกอบของยารักษาโรคอื่น ๆ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการทำงานของสารต่าง ๆ ในระดับโมเลกุล