2-Fluoro-6-Iodoanisole ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งรวมหมู่ฟลูออรีนและไอโอดีนบนวงแหวนอะโรมาติก ทำให้มีคุณค่าต่อการนำหมู่ฟังก์ชันเฉพาะเจาะจงเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น สารประกอบนี้มักถูกนำมาใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Sonogashira เพื่อสร้างสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์วัสดุขั้นสูงและเคมีภัณฑ์ละเอียด โดยแกนอะโรมาติกที่มีฮาโลเจนช่วยเสริมคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และ steric ที่ต้องการ การประยุกต์ใช้เด่นชัดในงานวิจัยและพัฒนายาตัวใหม่และสารเคมีพิเศษ