3-Chloro-5-fluorobenzene-1,2-diamine ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ซึ่งสารนี้สามารถนำไปใช้ในการผลิตยาชนิดต่าง ๆ ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านเชื้อแบคทีเรียหรือยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่ใช้ในกระบวนการวิเคราะห์ทางเคมีหรือเป็นส่วนประกอบในวัสดุพิเศษ เช่น พอลิเมอร์หรือสีย้อมที่มีความทนทานสูง