Methyl 5-bromo-3-chloro-2-methylbenzoate ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยเภสัชกรรม สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) เนื่องจากโครงสร้างฮาโลเจนที่ไม่เหมือนใคร สารประกอบนี้มักถูกนำไปใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig เพื่อสร้างโมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเคมีเกษตรเพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ โดยอาศัยคุณสมบัติอะโรมาติกฮาโลเจนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ ความเสถียรและความสามารถในการทำปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการสร้างห้องสมุดเคมีที่หลากหลาย