5-Bromo-2-methoxythioanisole ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีอินทรีย์ เนื่องจากมีกลุ่มฟังก์ชันที่สามารถทำปฏิกิริยาได้หลากหลาย เช่น หมู่โบรโมและหมู่เมทอกซี ซึ่งช่วยในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางชีวภาพและฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา