3-(Perfluorophenyl)propanoic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยาต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยมีส่วนช่วยในการสร้างโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบผิวที่มีความต้านทานต่อสารเคมีและความทนทานที่เพิ่มขึ้น โครงสร้างฟลูออรีนของมันทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาสารเคมีเฉพาะทางสำหรับอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์และเทคโนโลยีการปรับเปลี่ยนพื้นผิว