เมทิล 2-โบรโม-3-ฟลูออโรเบนโซเอต ใช้หลักในฐานะสารกลางในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งหมู่แทนที่โบรโมและฟลูออโร ทำให้เป็นชิ้นส่วนก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อน สารประกอบนี้มักถูกนำมาใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น การจับคู่ซูซูกิหรือการจับคูบบูชวาลด์-ฮาร์ทวิก เพื่อนำกลุ่มฟังก์ชันอะโรมาติกโบรโมและฟลูออโรเข้าไปในโมเลกุลเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารชีวภาพ รวมถึงผู้สมัครยาที่มีศักยภาพ ซึ่งการมีอะตอมฮาโลเจนสามารถเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับหรือปรับเปลี่ยนความเสถียรทางเมแทบอลิซึม การประยุกต์ใช้นี้ยังขยายไปสู่วิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งอาจถูกใช้ในการพัฒนาสารเคมีพิเศษหรือโพลิเมอร์ขั้นสูง