2-Chloro-3-fluoroanisole ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่คลอรีนและฟลูออรีนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่หลากหลายและมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีคุณสมบัติเฉพาะทาง เช่น สารต้านแบคทีเรียหรือสารต้านมะเร็ง การใช้งานหลักจึงเน้นไปที่การเป็นสารกลางในการผลิตสารเคมีที่มีประโยชน์ในหลายสาขา