2-Amino-6-fluorobenzylamine ใช้ในอุตสาหกรรมเคมีเพื่อเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีทั้งกลุ่มอะมิโนและฟลูออรีน ซึ่งช่วยเพิ่มความหลากหลายในการทำปฏิกิริยาเคมี นอกจากนี้ยังอาจนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทหรือยาต้านมะเร็ง เนื่องจากคุณสมบัติเฉพาะตัวที่สามารถปรับเปลี่ยนโครงสร้างเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะเจาะจงต่อเป้าหมายทางชีวภาพ