2-Fluoro-4,6-diiodoaniline ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีประโยชน์ทางเภสัชกรรมและอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในการผลิตสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพหรือสารออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีสำหรับการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ เช่น การศึกษาปฏิกิริยาเคมีหรือการวิเคราะห์โครงสร้างโมเลกุล เนื่องจากมีองค์ประกอบของฟลูออรีนและไอโอดีนที่ช่วยเพิ่มความหลากหลายในการปรับแต่งโครงสร้างทางเคมีให้เหมาะสมกับการใช้งานเฉพาะด้าน