2-Fluorobenzyl isocyanate ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างสารประกอบเคมีต่าง ๆ โดยมีคุณค่าอย่างยิ่งในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารตัวกลางในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) กลุ่มไอโซไซยาเนตที่ทำปฏิกิริยาได้ของสารประกอบนี้ช่วยให้สามารถสร้างพันธะกับเอมีน แอลกอฮอล์ และนิวคลิโอไฟล์อื่น ๆ ทำให้มีประโยชน์ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ยูเรีย คาร์บาเมต และอะไมด์ อนุพันธ์เหล่านี้มักถูกสำรวจสำหรับคุณสมบัติบำบัดที่มีศักยภาพ เช่น การยับยั้งเอนไซม์หรือการโมดูเลตตัวรับ นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งใช้ในการปรับเปลี่ยนโพลิเมอร์หรือสร้างสารเคลือบพิเศษที่มีคุณสมบัติที่เพิ่มขึ้น เช่น ความทนทานหรือความต้านทานต่อสารเคมี อะตอมฟลูออรีนยังสามารถให้ผลกระทบทางอิเล็กทรอนิกส์และสเตอริกที่เป็นเอกลักษณ์ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีปฏิกิริยาเฉพาะหรือความเสถียร