ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม เป็นสารตั้งต้นในการสร้างโมเลกุลที่มีโครงสร้างอารมาติกซึ่งมีหมู่ฟลูออรีนและไอโอดีน ทำให้มีคุณสมบัติพิเศษในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น เอนไซม์หรือตัวรับในเซลล์ นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างสารตัวอย่าง (lead compound) สำหรับพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะยารักษาโรคมะเร็งและโรคระบบประสาท นอกจากนี้ยังใช้เป็นเครื่องหมายติดตามในงานวิจัยทางชีวเคมี เนื่องจากไอโอดีนสามารถนำไปใช้ร่วมกับเทคนิคการถ่ายภาพทางการแพทย์ได้