ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่เป็นสารตั้งต้นในการผลิตยา สารนี้มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาที่มีโครงสร้างเป็นสารอินทรีย์ที่มีฟลูออรีน ซึ่งมักพบในยาที่ใช้รักษาโรคต่าง ๆ เช่น โรคทางระบบประสาท หรือโรคทางจิตเวช เนื่องจากหมู่ฟลูออรีนและไตรฟลูออร์เมทอกซีช่วยเพิ่มความสามารถในการผ่านเยื่อหุ้มเซลล์และเพิ่มความจำเพาะต่อเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีทางการแพทย์เพื่อสร้างสารตัวอย่าง (lead compound) สำหรับการคัดกรองฤทธิ์ทางชีวภาพ