3-Iodobenzotrifluoride ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะบล็อกก่อสร้างที่หลากหลาย โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Suzuki และ Heck อะตอมไอโอดีนทำหน้าที่เป็นจุดปฏิกิริยาสำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าในการผลิตยาเคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์ผลึกเหลวและสารเคมีพิเศษอื่นๆ เนื่องจากกลุ่ม trifluoromethyl ที่เพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยา การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การพัฒนาวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการอุตสาหกรรมต่างๆ