2-Bromo-6-fluorotoluene ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี โครงสร้างที่มีทั้งหมู่โบรมีนและฟลูออรีนทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น

ในเภสัชกรรม มักใช้ในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยอะตอมโบรมีนสามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki หรือ Heck เพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ในทางตรงกันข้าม อะตอมฟลูออรีนสามารถเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของสารประกอบสุดท้าย

ในเกษตรเคมี สารประกอบนี้ถูกใช้ในการสร้างสารกำจัดวัชพืช ยาฆ่าแมลง และยาฆ่าเชื้อรา การมีฟลูออรีนสามารถปรับปรุงประสิทธิภาพและความเลือกสรรของสารเคมีเหล่านี้ ทำให้มีประสิทธิภาพมากขึ้นที่ปริมาณต่ำกว่า

นอกจากนี้ 2-Bromo-6-fluorotoluene ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการพัฒนาสารเคมีพิเศษและโพลิเมอร์ โดยคุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์สามารถมีส่วนร่วมในการสร้างวัสดุขั้นสูงที่มีฟังก์ชันเฉพาะ