2-Bromo-4-chloro-6-fluorotoluene ใช้หลักในฐานะสารเคมีขั้นกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร ลักษณะการแทนที่ฮาโลเจนที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ในงานวิจัยเภสัชกรรม มักใช้ในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) หรือเป็นสารตั้งต้นสำหรับสารประกอบที่มีคุณสมบัติบำบัดที่อาจเกิดขึ้น นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษ โดยโครงสร้างฮาโลเจนช่วยสร้างวัสดุที่มีคุณสมบัติเฉพาะ เช่น ความตอบสนองที่เพิ่มขึ้นหรือความเสถียร ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร รวมถึงการพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชหรือสารกำจัดวัชพืช โดยลักษณะโครงสร้างสามารถมีอิทธิพลต่อประสิทธิภาพและความเลือกสรรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย