2-Fluoro-6-iodotoluene เป็นสารเคมีที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในขั้นตอนการสร้างสารประกอบเชิงซ้อนที่มีโครงสร้างซับซ้อน มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากทั้งฟลูออรีนและไอโอดีนในโมเลกุลสามารถทำหน้าที่เป็นตำแหน่งที่เกิดปฏิกิริยาได้ดี นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อศึกษาปฏิกิริยาเคมีต่าง ๆ เช่น ปฏิกิริยาการแทนที่และปฏิกิริยาการเชื่อมโยงคาร์บอน-คาร์บอน ซึ่งช่วยในการพัฒนาวิธีสังเคราะห์ใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูง