ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีนที่แสดงความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น หมู่ไตรฟลูออร์เมทอกซีช่วยเพิ่มความชอบไขมันและความต้านทานต่อการย่อยสลายแบบออกซิเดชัน ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบส่วนประกอบหลักในสารป้องกันพืชและโมเลกุลยารักษา นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมชิ้นส่วนก่อสร้างแบบคีรัลสำหรับการสังเคราะห์แบบอะซิมเมトリก