ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสร้างโมเลกุลที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดยเฉพาะในยาที่ต้องการความจำเพาะต่อเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็ง หรือยาแก้อักเสบ โครงสร้างที่มีทั้งหมู่ฟลูออรีนและไอโอดีนช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาต่อเนื่องได้หลายทาง เช่น การทำปฏิกิริยาแทนที่ของไอโอดีนผ่านกระบวนการแพลเลเดียมคาทาไลซ์ หรือการใช้ฟลูออรีนเพื่อปรับคุณสมบัติด้านพลังงานและการดูดซึมของสารในระบบชีวภาพ นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อพัฒนาสารใหม่ที่มีศักยภาพทางการแพทย์