ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาฟลูออรีนและสารเคมีเกษตร เนื่องจากมีโครงสร้างไดฟลูออโรเมทิลีน-ไดออกซอลที่เป็นเอกลักษณ์ แอตอมฟลูออรีนที่มีคุณสมบัติดูดกลืนอิเล็กตรอนช่วยเพิ่มความเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพในยาตัวสมุคร นิยมใช้ในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพ โดยเฉพาะในเคมียารักษาโรคสำหรับออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวปรับตัวรับ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมบล็อกสร้างฟลูออรีนใหม่สำหรับการพัฒนาเทรเซอร์ PET โดยการติดฉลากฟลูออรีน-18 ได้ประโยชน์จากแอตอมฟลูออรีนที่อยู่ใกล้กัน แสดงประสิทธิภาพในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับสร้างโพลิเมอร์เฉพาะทางที่มีความต้านทานความร้อนและการออกซิเดชันสูงขึ้น