ใช้หลักly เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านอาการซึมเศร้า โครงสร้างอะโรมาติกที่ถูกแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพในยาที่เป็นผู้สมัคร นิยมใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งการนำกลับเข้าของเซโรโทนินแบบเลือกเพศ (SSRIs) และยาที่เกี่ยวข้องกับจิตเวช นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับการผลิตยาฆ่าแมลงที่ถูกแทนที่ด้วยฟลูออรีน เนื่องจากช่วยเพิ่ม lipophilicity และความต้านทานต่อการย่อยสลาย ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในเคมียารักษาโรคสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) ที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์ฟลูออรีน