ใช้เป็นสารระหว่างกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดแมลง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมเพื่อสร้างสารออกฤทธิ์ที่กำหนดเป้าหมายไปยังระบบพืชหรือศัตรูพืชเฉพาะ ใช้กันทั่วไปในการพัฒนาสารประกอบอะโรมาติกคลอรีน ซึ่งกลุ่มคลอโรและทริฟลูออโรเมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรและกิจกรรมชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเภสัชภัณฑ์สำหรับการสร้างบล็อกก่อสร้างฟลูออรีน โดยใช้ประโยชน์จากกลุ่มทริฟลูออโรเมทอกซีที่มีคุณสมบัติดึงอิเล็กตรอนเพื่อปรับความต้านทานต่อการเผาผลาญและลิโพฟิลิกในยาที่เป็นผู้สมัคร