ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางเกษตรกรรมและเภสัชกรรม โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงเป็นสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าเชื้อรา หมู่คลอรีนและไตรฟลูออโรมีทิลช่วยเพิ่มความชอบน้ำมันและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีความคงทนต่อสิ่งแวดล้อมและความจำเพาะต่อเป้าหมายที่เพิ่มขึ้น ใช้กันทั่วไปในการผลิตสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืชและสารป้องกันพืช นอกจากนี้ยังใช้ในเคมียารักษาเพื่อสร้างโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ โดยที่โมติฟฟลูออรีนจำเป็นสำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพ