ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างอะโรมาติกที่ถูกฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการจับคู่ในยาที่เป็นผู้สมัคร ใช้อย่างแพร่หลายในเคมีทางการแพทย์เพื่อปรับปรุงสารนำ เนื่องจากคุณสมบัติการดึงอิเล็กตรอนของกลุ่มไตรฟลูออร์เมทิล ซึ่งช่วยปรับปรุงโปรไฟล์เภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมลิแกนด์คีรัลและตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก