3-Fluoro-4-iodoaniline ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร สตรักเจอร์ของมันที่มีทั้งอะตอมฟลูออรีนและไอโอดีน ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสี เนื่องจากความสามารถในการนำกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะเข้าไปในสารประกอบอะโรมาติก นอกจากนั้น ลักษณะฮาโลเจนของมันช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาครอส-คัปพลิง ซึ่งจำเป็นต่อการสร้างวัสดุขั้นสูงและเคมีภัณฑ์ละเอียด