5-Fluoro-2-methyl-3-nitroaniline ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านเชื้อราและยาต้านแบคทีเรีย โครงสร้างของมันมีคุณค่าในเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน มักใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการผลิตสีย้อมและเม็ดสีเนื่องจากมีกลุ่มฟังก์ชันไนโตรและอะมิโน การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงเคมีเกษตร ที่ซึ่งมันมีส่วนช่วยในการจัดทำยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช