5-Fluoro-2-iodoaniline ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติทางรักษาที่เป็นไปได้ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์ ช่วยให้สามารถสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนสำหรับการค้นพบยา โครงสร้างฮาโลเจนของมันทำให้มีคุณค่าต่อปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Sonogashira ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ คุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ของมันยังทำให้เหมาะสำหรับการใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการออกแบบวัสดุอินทรีย์ขั้นสูง