5-Fluoro-2-(trifluoromethyl)aniline ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชภัณฑ์ (APIs) สำหรับสาขาการรักษาต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านการอักเสบ ต้านไวรัส หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงหรือวัชอุทิศใหม่ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีกลุ่มฟลูออรีนและไตรฟลูออโรมิทิล ช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ทำให้มีคุณค่าในเคมีศาสตร์ทางการแพทย์และเกษตร