5-Amino-2-chlorobenzotrifluoride ใช้เป็นสารกลางหลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในการผลิตส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อเตรียมสารเคมีพิเศษ รวมถึงสีย้อมและเม็ดสี เนื่องจากความสามารถในการนำเข้าฟังก์ชันที่ปรับเปลี่ยนคุณสมบัติของผลิตภัณฑ์สุดท้าย กลุ่ม trifluoromethyl มีคุณค่าอย่างยิ่งในการเพิ่มความเสถียรและ bioavailability ของโมเลกุลที่ได้