ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดแมลง เนื่องจากโครงสร้างอะโรมาติกที่มีฮาโลเจนซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพทางชีวภาพ หมู่ย่อยที่ดึงอิเล็กตรอนช่วยปรับปรุงความเสถียรและความสัมพันธ์ในการจับกับสารออกฤทธิ์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพ โดยเฉพาะที่ขัดต่อระบบประสาทส่วนกลาง ซึ่งกลุ่มไตรฟลูออร์เมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ นอกจากนี้ ยังเป็นสารตั้งต้นในการเตรียมสีย้อมและวัสดุฟังก์ชันนัลที่ต้องการความทนทานต่อความร้อนและสารเคมีสูง