ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารประกอบเบสไตรอะซีนบางชนิด เนื่องจากมีกลุ่มอะมีนที่ทำปฏิกิริยาได้และฟังก์ชันคลอรีน ซึ่งช่วยให้เกิดการดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติมได้ วงแหวนมอร์โฟลีนของมันช่วยเพิ่มความละลายและความเสถียรในสภาวะปฏิกิริยาต่างๆ ทำให้มีคุณค่าในการเพิ่มประสิทธิภาพของส่วนประกอบออกฤทธิ์ในตัวแทนป้องกันพืช นอกจากนี้ยังถูกสำรวจในเคมียารักษาโรคสำหรับใช้เป็นบล็อกก่อสร้างในตัวยับยั้งคินาสและโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ