ใช้เป็นสารตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชวิทยาที่มีฟลูออรีน (APIs) เพื่อเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมในร่างกาย โครงสร้างของมันช่วยในการสร้างสารประกอบที่มีความสัมพันธ์ในการจับกับเป้าหมายและความเลือกสรรที่ดีขึ้น โดยเฉพาะในยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) และยาต้านการอักเสบ แอตอมฟลูออรีนช่วยในการปรับความชอบน้ำมันและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาโรคสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-ฤทธิ์ทางชีวภาพ (SAR) ที่เกี่ยวข้องกับอะโรมาติกเอมีน นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ที่มีความคงทนต่อสิ่งแวดล้อมและความจำเพาะต่อเป้าหมายที่เพิ่มขึ้น