4-Amino-3-fluorobenzenethiol ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น ยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสีย้อมและเม็ดสี เนื่องจากสามารถสร้างโครงสร้างอะโรมาติกที่เสถียร กลุ่มฟลูออรีนและไทออลทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในเคมียารักษาโรค สามารถนำเสนอกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะลงในโมเลกุลเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการปรับเปลี่ยนพื้นผิวหรือการสร้างโพลิเมอร์เฉพาะทาง