3-Fluoro-5-methylaniline ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรกรรม ตัวอย่างเช่น ใช้ในการผลิตยาที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหรือสารป้องกันศัตรูพืช นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ เพื่อศึกษาคุณสมบัติและประสิทธิภาพในการใช้งานเฉพาะด้าน เช่น การออกแบบโมเลกุลที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียหรือไวรัส อีกทั้งยังอาจใช้ในกระบวนการผลิตสีย้อมหรือสารเคมีอื่นๆ ที่ต้องการโครงสร้างเฉพาะทางเคมี