1,6-Diiodohexane ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการสร้างโครงสร้างเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น กลุ่มฟังก์ชันไดไอโอโดของมันทำให้เป็นสารเคมีที่มีคุณค่าต่อปฏิกิริยาครอส-คัปเปลิง ซึ่งจำเป็นสำหรับการก่อตัวพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในเภสัชภัณฑ์และวัสดุขั้นสูง นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการเตรียมโพลิเมอร์และผลึกเหลว ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาจอแสดงผลและอุปกรณ์ทางแสง ในงานวิจัย ถูกนำมาใช้ในการศึกษากลไกปฏิกิริยาและสังเคราะห์สารกลางสำหรับการแปลงเคมีเพิ่มเติม การประยุกต์ใช้นี้ยังขยายไปสู่สาขานาโนเทคโนโลยี ซึ่งช่วยในการผลิตวัสดุที่มีโครงสร้างนาโน