เมทิล 5-คลอโรเพนทาโนเอต ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรกรรม เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มักมีส่วนในการสร้างส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โครงสร้างเอสเตอร์คลอรีนของมันมีคุณค่าต่อการนำเข้าชนิดฟังก์ชันลงในสารประกอบเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนาสำหรับการสร้างสารเคมีใหม่ที่มีศักยภาพในการบำบัดหรือการเกษตร การตอบสนองและความหลากหลายของสารประกอบทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในกระบวนการผลิตเคมีภัณฑ์ละเอียด