ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีทางการเกษตรต่างๆ กลุ่ม difluoroacetic acid ของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาส่วนประกอบที่ใช้งานได้ซึ่งต้องการความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างสารเคมีพิเศษ โดยโครงสร้างที่ไม่เหมือนใครของมันช่วยในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนที่มีคุณสมบัติเฉพาะ สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในสถานที่วิจัยสำหรับการศึกษาสารประกอบที่มีฟลูออรีน เพื่อช่วยในการสำรวจปฏิกิริยาเคมีใหม่และเส้นทางต่างๆ