ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาที่มีฟลูออรีน (active pharmaceutical ingredients: APIs) คุณสมบัติคีโตนไตรฟลูออโรเมทิลช่วยให้สามารถสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิกได้อย่างมีประสิทธิภาพผ่านปฏิกิริยาการควบแน่นและการสร้างวง ใช้กันทั่วไปในการเตรียมยารักษาเบาหวาน ยาต้านไวรัส และยาแก้ปวดอักเสบ เนื่องจากความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้นจากกลุ่มไตรฟลูออโรเมทิล นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรสำหรับสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลงที่มี bioavailability และความคงทนต่อสิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้น ส่วนเอสเตอร์ของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนและรวมเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้นได้ง่ายผ่านการทรานส์เอสเทอร์หรือการไฮโดรไลซิส