ใช้เป็นสารตัวกลางในการสังเคราะห์ยาที่มีฟลูออรีน โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมสูงขึ้น อะตอมฟลูออรีนช่วยปรับปรุงความเลือกในการจับและความต้านทานต่อการย่อยสลายโดยเอนไซม์ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรค ใช้กันทั่วไปในการเตรียมยารักษาเบาหวานและยาต้านไวรัสที่โมติฟฟลูออรีนมีความสำคัญต่อกิจกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีความคงตัวในสิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้นและความจำเพาะต่อเป้าหมาย