3-(Boc-Amino)propylbromide ใช้เป็นสารเคมีหลักในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อน สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นเอมีนที่ได้รับการป้องกัน ช่วยให้สามารถนำกลุ่มเอมีนเข้าไปในปฏิกิริยาหลายขั้นตอนได้ กลุ่มบรอโมอัลคิลช่วยให้เกิดปฏิกิริยาอัลคิลเลชัน ทำให้มีประโยชน์ในการปรับเปลี่ยนนิวคลีโอไฟล์ เช่น เอมีน ไทออล หรือแอลกอฮอล

ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยซึ่งกลุ่ม Boc ให้การป้องกันชั่วคราวแก่เอมีนระหว่างปฏิกิริยาการจับคู่ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาและกลยุทธ์การไบโอคอนจูเกชัน โดยทำหน้าที่เป็นลิงเกอร์หรือสเปเซอร์เพื่อเชื่อมต่อหน่วยโมเลกุลที่แตกต่างกัน ความหลากหลายของสารนี้ทำให้มีคุณค่ากในการสร้างสารกลางสำหรับการค้นพบยาและการวิจัยทางชีวเคมี