เบนซิลคลอโรเมทิลซัลไฟด์ มีการประยุกต์ใช้หลักในเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในฐานะสารเคมีสำหรับนำกลุ่มฟังก์ชันที่มีกำมะถันเข้าไปในโมเลกุล มักใช้ในการเตรียมสารประกอบต่างๆ ที่มีฐานกำมะถัน รวมถึงไทโออีเทอร์และซัลไฟด์ ซึ่งเป็นสารกลางที่มีค่ามากในการผลิตยา สารเคมีเกษตร และสารเคมีเฉพาะทาง นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยกลุ่มคลอโรเมทิลที่ทำปฏิกิริยาได้ของมันช่วยอำนวยความสะดวกในการปรับเปลี่ยนทางเคมีเพิ่มเติม ในสถานที่วิจัย ถูกนำมาใช้ในการศึกษาพฤติกรรมของสารประกอบที่มีกำมะถันในปฏิกิริยาเคมีต่างๆ ซึ่งช่วยในการพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ