N-Benzylguanidinium acetate ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โดยเฉพาะสารที่มุ่งเป้าไปยังการยับยั้งเอนไซม์หรือการปรับเปลี่ยนตัวรับ (receptor modulation) ส่วน guanidinium ของมันมักถูกนำมาใช้ในการพัฒนาโมเลกุลที่มีความสามารถในการจับติดกับเป้าหมายทางชีวภาพเฉพาะเจาะจงได้ดีขึ้น ทำให้มีคุณค่าต่อการค้นพบยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์ peptidomimetics และโมเลกุลขนาดเล็กอื่นๆ ที่เลียนแบบโครงสร้างของเปปไทด์ เพื่อช่วยในการศึกษาการโต้ตอบของโปรตีนและเส้นทางการส่งสัญญาณ (signaling pathways) การประยุกต์ใช้นอกเหนือจากนี้ยังครอบคลุมถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยนำมาใช้ในการออกแบบโพลิเมอร์ที่ถูกปรับแต่งหน้าที่ (functionalized polymers) และการประกอบโครงสร้างซูเปอร์โมเลกุล (supramolecular assemblies)