อะมิโนกวานิดีนไฮโดรคลอไรด์ถูกนำมาใช้ในหลายด้าน เช่น การวิจัยทางการแพทย์เพื่อศึกษาการยับยั้งปฏิกิริยาการเกิด advanced glycation end products (AGEs) ซึ่งเกี่ยวข้องกับโรคเบาหวานและภาวะแทรกซ้อนต่าง ๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษากระบวนการอักเสบและออกซิเดชันในร่างกาย ในอุตสาหกรรมเคมี สารนี้ถูกนำไปใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่น ๆ ที่มีประโยชน์ เช่น ยาและสารเคมีทางการเกษตร นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อประเมินศักยภาพในการเป็นสารต้านอนุมูลอิสระและสารต้านมะเร็งอีกด้วย