1,3-Diaminoguanidine monohydrochloride ใช้หลักๆ เป็นสารเคมีในงานสังเคราะห์อินทรีย์ โดยมีบทบาทสำคัญในการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการสังเคราะห์ไตรอะซอลและเทตราไชน์ ซึ่งมีความสำคัญในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการผลิตวัสดุพลังงานสูง เช่น ระเบิดและเชื้อเพลิง เนื่องจากความสามารถในการสร้างสารกลางที่เสถียรและมีปฏิกิริยาสูง ในเคมีวิเคราะห์ ใช้เป็นสาร derivatization สำหรับการตรวจจับและวัดปริมาณสารประกอบคาร์บอนิล การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่สาขาเคมีเชิงประสาน ซึ่งทำหน้าที่เป็นลิแกนด์ในการสร้างคอมเพล็กซ์กับไอออนโลหะ มีประโยชน์ในงานเร่งปฏิกิริยาและวิทยาศาสตร์วัสดุ