กัวนิดีนถูกใช้อย่างแพร่หลายในชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุลในฐานะสารทำให้โปรตีนสูญเสียโครงสร้าง มันรบกวนพันธะไฮโดรเจนและปฏิกิริยาพันธะไฮโดรคาร์บอน ทำให้โปรตีนคลายตัวอย่างมีประสิทธิภาพ ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน

ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ รวมถึงยาต้านไวรัสและยารักษาความดันโลหิตสูง

นอกจากนี้ สารอนุพันธ์ของกัวนิดีนยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสีย้อม เรซิน และวัตถุระเบิด

คุณสมบัติเป็นเบสที่แรงของมันยังทำให้มีประโยชน์ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก

ในภาคเกษตร สารประกอบที่ขึ้นอยู่กับกัวนิดีนถูกนำมาใช้เป็นปุ๋ยและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช เพื่อเพิ่มผลผลิตและคุณภาพของพืช