เมทิลกวานิดีนไฮโดรคลอไรด์ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และกระบวนการทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านการวิจัยเกี่ยวกับโรคไตวายและภาวะไตวายเฉียบพลัน เนื่องจากสารนี้สามารถกระตุ้นให้เกิดภาวะไตวายในสัตว์ทดลองได้ จึงถูกใช้เป็นโมเดลในการศึกษาวิธีการรักษาและป้องกันโรคไต นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาการทำงานของระบบประสาทและกล้ามเนื้อ เนื่องจากมีผลต่อการส่งสัญญาณประสาทและการหดตัวของกล้ามเนื้อ การวิจัยเหล่านี้ช่วยให้เข้าใจกลไกการเกิดโรคและพัฒนายาใหม่ๆ เพื่อรักษาโรคที่เกี่ยวข้องได้อย่างมีประสิทธิภาพ